医院污水消毒应用最广泛的消毒是液氯，其次还有次氯酸钠、氯片（主要成分是次氯酸钙）和臭氧等。医院污水处理的主要任务是解决污水的生物污染，因此，医院污水最终必须经过消毒处理。消毒应与灭菌相区别。灭菌的意思是指杀灭或是除去一切活的微生物，而消毒则是利用物理或化学方法杀灭病原菌、病毒和其他有害微生物。近年来，国外对污水的紫外线消毒研究的较多，并出现了一些利用紫外线消毒的大型污水处理厂。

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